События Fate/Apocrypha происходят в мире параллельном миру Fate/stay night, в котором Грааль был убран из города Фуюки после Третьей Войны. История начинается с того, что в Румынии был обнаружен «726-ой Святой Грааль». Его похитила и привезла в Румынию семья Иггдмилленния. Это знаменует начало Великой Войны Святого Грааля в городе Трифас с двумя противоборствующими сторонами: Чёрная Фракция, члены которой являются частью семьи Иггдмилленния и Красная Фракция, члены которой были посланы Ассоциацией Магов, за исключением одного участника от Церкви. Грааль также призывает Рулера выступать в качестве посредника в Войне Святого Грааля.

Участниками Пятой войны за Святой Грааль были дети, и тем не менее противостояние мастеров было жестоким и кровопролитным. Но какие же ужасы явятся миру, если за дело примутся взрослые, опытные волшебники, принимающие холодные решения даже в отношении собственных родственников и любимых? Четвертая война разобьет много сердец и разрушит множество жизней. На поле боя сойдутся очень разные люди - от учащегося в Ассоциации до городского маньяка. Но кому же из них будет суждено добраться до Грааля и исполнить свою мечту?

Сюжет повествует о Войне Грааля, некорректно скопированной с третьей Войны Грааля Фуюки. После окончания третьей Войны Грааля, члены магической организации из Соединенных Штатов, независимой от лондонской Ассоциации Магов, собрали данные о Войне Грааля в Фуюки и планируют начать свой ритуал. И теперь вновь, уже шестеро героев прошлого, и магов, призвавших их на поле брани, сойдутся в неравном бою. Но Нарита не был бы Наритой, если бы все прошло так гладко. Вампиры, механизированные священники, целые отряды магического спецназа, фальшивые и истинные слуги, сюжет в изобилии наполнен разнообразием неожиданных ходов и решений, что и делает его Войну за Грааль не похожей на все описанные ранее.

Вот уже много лет продолжается война за Святой Грааль - священный артефакт, способный исполнять желания. Маги и их слуги, души великих героев из прошлого, сражаются до тех пор, пока не останется только один, единственно достойный Святой Чаши. Ареной боев был избран маленький японский городок - и в результате прошлой войны он сгорел почти дотла. И вот Эмия Широ, слабейший из избранных Граалем в новой войне чародеев, чьи родители погибли в том пожаре, случайно вызывает сильнейшего слугу... Исполненный желания не допустить подобного впредь, он вступает в бой, где его противники - бессмертные души и могущественные маги, где он может полагаться лишь на свою веру и могущество своего слуги...

Мир никогда не станет таким, каким был до Падения. Больше половины населения Земли – мертвы, потусторонние твари бродят по развалинам, а оккультные общины быстро разрастаются. В надежде спасти единственное воспоминание о семье, которое осталось у нее, курьер-одиночка Аврил разыскивает Анафему, нечестивую тварь, которая по слухам, обладает силами, в которых так нуждается девушка.

Комикс рассказывает о колониях Народа Огня в самом сердце царства Земли, где напряжённые отношения между соседями угрожают разрушить недавно обретённый мир, толкая Аватара на конфликт с одним из его друзей, Хозяином Огня Зуко.